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Ensamblaje a Nivel de Cromosoma del Genoma de Lino Impulsado por Datos de Nanoporos

Autores: Arkhipov, Alexander A.; Pushkova, Elena N.; Bolsheva, Nadezhda L.; Rozhmina, Tatiana A.; Borkhert, Elena V.; Zhernova, Daiana A.; Rybakova, Tatiana Yu.; Barsukov, Nikolai M.; Moskalenko, Olesya D.; Sigova, Elizaveta A.; Dvorianinova, Ekaterina M.; Melnikova, Nataliya V.; Dmitriev, Alexey A.

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Ensamblaje a Nivel de Cromosoma del Genoma de Lino Impulsado por Datos de Nanoporos


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Linaza
Genoma
Ensamblaje
Cromosomas
Secuenciación
Telomérico

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 9

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
El lino es un cultivo importante que se cultiva por sus semillas y fibra. El número de cromosomas del lino es 2n = 30, y su tamaño genómico es de aproximadamente 450-480 Mb. Hasta la fecha, se han secuenciado y ensamblado los genomas de varias variedades de lino. Sin embargo, los ensamblajes obtenidos aún están lejos del nivel telómero a telómero (T2T). Secuenciamos el genoma de la variedad de lino K-3018 en la plataforma de Oxford Nanopore Technologies (ONT) y obtuvimos 57.7 Gb de lecturas simples R10 con un N50 = 18.4 kb (~120x de cobertura del genoma). Las lecturas de ONT de más de 50 kb se mantuvieron como ultra-largas (~10x de cobertura del genoma), y el resto de las lecturas de ONT se corrigieron utilizando el modelo HERRO R10 (calidad > Q10, longitud > 10 kb, ~60x de cobertura del genoma restante). El genoma se ensambló utilizando Hifiasm y Verkko. El ensamblaje generado por Hifiasm tenía una longitud de 489.1 Mb con 54 contigs y un N50 = 28.1 Mb. Verkko produjo un genoma muy similar pero más fragmentado: 489.1 Mb, 134 contigs, N50 = 17.4 Mb. En el ensamblaje por Hifiasm, ocho cromosomas consistían en un solo contig con repeticiones teloméricas en ambos extremos. Además, cinco cromosomas comprendían dos contigs y dos cromosomas comprendían tres contigs. Estos cromosomas también tenían repeticiones teloméricas en sus extremos. El ensamblaje generado por Hifiasm de la variedad K-3018 tenía una contigüidad similar pero probablemente era más completo y preciso que el ensamblaje principal de quince cromosomas de la variedad YY5 (producido a partir de datos de PacBio y estructurado con datos de Hi-C), el ensamblaje de genoma de lino más contiguo en el momento de escribir esto. Sugerimos que una cobertura genómica suficiente con largas lecturas simples R10 de ONT es una alternativa viable a los datos de PacBio más Hi-C para un ensamblaje de genoma T2T de alta precisión del lino, abriendo nuevas perspectivas para estudios de genoma completo del lino.

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