Aquí describimos el desarrollo de un flujo de trabajo mejorado para utilizar conformaciones de proteínas experimentales y simuladas en el diseño basado en estructuras de inhibidores para proteínas de la familia Bcl-2 antiapoptóticas. Los enfoques tradicionales basados en estructuras en objetivos similares a menudo están limitados por la escasez de estructuras disponibles y las dificultades para encontrar compuestos líderes que se acoplen contra superficies de interacción proteína-proteína planas y flexibles. Al emplear acoplamiento computacional de inhibidores de pequeñas moléculas conocidos, hemos demostrado que los conjuntos estructurales derivados de MD acelerada (aMD) o MD en presencia de un cosolvente orgánico generalmente obtienen mejores puntuaciones que aquellos evaluados a partir de MD convencional análoga. Además, las conformaciones obtenidas de simulaciones combinadas de aMD con cosolvente que comenzaron con la estructura apo-Bcl-xL produjeron mejores puntuaciones de acoplamiento promedio y mínimo para uniones conocidas que un conjunto de 72 estructuras experimentales de Bcl-xL apo y unidas a ligandos. Un análisis detallado de las conformaciones simuladas indica que la aMD mejoró efectivamente el muestreo conformacional de las hélices flexibles que flanquean la principal hendidura de unión de Bcl-xL, permitiendo que el cosolvente, actuando como pequeños ligandos, penetre más profundamente en el bolsillo de unión y dé forma a las conformaciones unidas a ligandos que no son evidentes en simulaciones convencionales. Creemos que este enfoque podría ser útil para identificar inhibidores contra otros sistemas de interacción proteína-proteína que involucren sitios de unión altamente flexibles, particularmente para objetivos con menos datos estructurales acumulados.