Se han observado diferencias significativas en la comunidad microbiana y la diversidad del suelo debido a la agricultura orgánica, pero se ha realizado poca investigación para explorar la funcionalidad microbiana y la co-ocurrencia de patrones entre taxones microbianos. En este trabajo, estudiamos amplicones de ADNr 16S del suelo de dos sistemas de agricultura orgánica a largo plazo (Org_C y Org_M) y un sistema convencional (Conv) para descifrar las diferencias en la interacción microbiana y la organización de la red y predecir genes funcionales (principalmente relacionados con el ciclo del N). En general, las organizaciones de red fueron diferentes en todos los sistemas de cultivo debido al manejo agrícola. Org_C mostró las interacciones negativas y la modularidad más altas y los nichos e interacciones bacterianas más alterados, lo que llevó a un aumento en especies generalistas que estabilizan la comunidad bacteriana y mejoran la respuesta del suelo a condiciones adversas. Estos cambios alteraron la funcionalidad predicha de la comunidad bacteriana; Org_C mostró un mayor número de genes de fijación de nitrógeno, una disminución en los genes de emisión de NO y podría favorecer la captación de CO ambiental. Por lo tanto, la aplicación a largo plazo de enmiendas de compost tiene beneficios significativos para el agricultor y el medio ambiente, ya que la aplicación prolongada puede reducir el uso de fertilizantes y pesticidas y podría crear un suelo más estable, que podría resistir los efectos del cambio climático.