La integración y el monitoreo son desafíos conceptuales y metodológicos apremiantes en la investigación de sistemas socioecológicos (SES). Este artículo sigue un proceso de aprendizaje social, llamado autoobservación participativa, pilotado por un grupo de investigadores-acción para mejorar la integración y el monitoreo de SES, utilizando la cuenca del río Tsitsa en Sudáfrica como estudio de caso. El proceso de autoobservación participativa reflexionó sobre lecciones para mejorar la integración y el monitoreo integrado de datos biofísicos, sociales y socioecológicos en proyectos de SES; para la planificación y gestión adaptativa. Tres puntos focales surgieron para mejorar los desafíos de la integración de SES: la necesidad de procesos participativos basados en las personas, la importancia de tareas de praxis aplicadas para catalizar una integración significativa y la necesidad de equipos transdisciplinarios que valoren la investigación no biofísica. Cinco áreas focales surgieron como principales desafíos para el monitoreo de SES: la integración de datos cualitativos y cuantitativos, la sobrecarga de datos, la escala del monitoreo de SES, la necesidad de centrar el monitoreo de SES en el aprendizaje y buenas relaciones laborales para permitir el flujo de datos. Las recomendaciones para desarrollar aún más el monitoreo y la gestión integrados de los SES incluyen (i) utilizar enfoques basados en las personas que se centren en el trabajo aplicado que incluya la recolección rigurosa de datos cuantitativos y biofísicos, (ii) identificar las necesidades de datos esenciales a través de un enfoque de variable esencial y (iii) combinar el monitoreo cuantitativo con procesos participativos basados en las personas.