Las tecnologías de escaneo basadas en Tomografía Computarizada de Rayos X (CT) han sido ampliamente utilizadas en muchos campos científicos, incluyendo medicina, nanociencias e investigación de materiales. Un progreso considerable en años recientes se ha logrado en la investigación agronómica y de ciencias de plantas gracias a la tecnología de CT de rayos X. Los métodos de fenotipado basados en imágenes de CT de rayos X permiten la medición de alto rendimiento y no destructiva e inferencia de sistemas de raíces, lo que hace factibles los estudios posteriores de mecanismos complejos de las plantas durante su crecimiento. Se ha recopilado una cantidad impresionante de datos de escaneo de plantas mediante CT, pero cómo analizar estos datos de manera eficiente y precisa sigue siendo un desafío. Revisamos enfoques estadísticos y computacionales que han sido o pueden ser efectivos para el análisis de imágenes de CT 3D de raíces de plantas. Describimos y comentamos sobre diferentes enfoques para aspectos del análisis de raíces de plantas basados en imágenes, a saber, (1) segmentación de raíces, es decir, el aislamiento de la raíz de la materia no radicular; (2) reconstrucción del sistema de raíces; y (3) extracción de fenotipos de nivel superior. Dado que muchos de estos enfoques son novedosos y aún no se han aplicado a este contexto, nos limitamos a descripciones breves de las metodologías. Con el rápido desarrollo y creciente uso de tecnologías de escaneo de CT de rayos X para generar grandes volúmenes de datos relevantes para la estructura de raíces, es oportuno revisar enfoques cuantitativos y computacionales existentes y potenciales para el análisis de dichos datos. Se incluyen resúmenes de varias herramientas computacionales en el Apéndice.