El análisis de coexpresión génica constituye una práctica ampliamente utilizada para la identificación de socios génicos y la predicción de funciones génicas, que consiste en muchos procedimientos intrincados. El análisis comienza con la recolección de datos transcriptómicos primarios y su preprocesamiento, continúa con el cálculo de la similitud entre genes basado en sus valores de expresión en el conjunto de datos de muestra seleccionado y resulta en la construcción y visualización de una red de coexpresión génica (GCN) y su evaluación utilizando análisis de enriquecimiento de términos biológicos. Dado que el análisis de coexpresión génica ha sido estudiado extensamente, presentamos la mayoría de las partes de la metodología de manera clara y la razón detrás de la selección de algunas de las técnicas. En esta revisión, ofrecemos un relato completo y comprensible de los pasos requeridos para realizar un análisis completo de coexpresión génica en organismos eucariotas. Comentamos sobre el uso de RNA-Seq frente a microarrays, así como las mejores prácticas para la construcción de GCN. Además, relatamos las herramientas web más populares y las aplicaciones independientes que realizan análisis de coexpresión génica, con detalles sobre sus métodos, características y resultados.