El diagnóstico de trastornos entéricos en cerdos es extremadamente desafiante, a cualquier edad. Los brotes de enfermedades entéricas en cerdos son frecuentemente multifactoriales y múltiples microorganismos pueden coexistir e interactuar. Además, varios patógenos, como el tipo A, el rotavirus y otros, pueden estar presentes en el intestino en ausencia de signos clínicos. Por lo tanto, el diagnóstico debe basarse en un enfoque diferencial para desarrollar una estrategia de control adaptada, considerando que los programas de tratamiento y control para enfermedades entéricas son específicos para cada patógeno. La correcta toma de muestras para análisis de laboratorio es fundamental para el diagnóstico de enfermedades entéricas en cerdos. Por ejemplo, la histología es el estándar de oro diagnóstico para varios trastornos entéricos, y la toma de muestras debe asegurar la recolección de muestras intestinales representativas y óptimas. El objetivo de este artículo es centrarse en el enfoque diagnóstico, desde la toma de muestras hasta el diagnóstico etiológico, de los trastornos entéricos en cerdos debido a diferentes patógenos durante las diferentes fases de producción.