En este estudio presentamos un enfoque computacional para la generación de las principales estructuras geométricas de un ganglio linfático murino idealizado (LN). En esta generación, consideramos los principales compartimentos como el seno subcapsular, los folículos de células B, los senos trabeculares y medulares, los vasos sanguíneos y la zona de células T con un enfoque principal en la red de células reticulares fibroblásticas (FRC). Los datos de microscopía confocal de las estructuras macroscópicas de LN y las propiedades estructurales de la red FRC se han generado y utilizado en el presente modelo. La metodología establece una biblioteca de módulos que pueden ser utilizados para ensamblar un modelo geométrico sólido de LN y posteriormente generar un modelo de malla adaptable capaz de implementar fenómenos de transporte. En general, basados en el uso de microscopía confocal de alta resolución y análisis morfológico de reconstrucciones 3D de células, hemos desarrollado un modelo computacional de la geometría de LN, adecuado para investigaciones adicionales en estudios de transporte de fluidos y migración celular en este órgano inmunológicamente esencial.