Las plantas de Brassicaceae abarcan un gran número de especies con una gran importancia económica y nutricional en todo el mundo. La producción de spp. está limitada debido a especies de hongos fitopatógenos que causan enormes pérdidas en los rendimientos. En este escenario, la detección e identificación precisas y rápidas de los hongos que infectan las plantas son esenciales para facilitar la gestión efectiva de las enfermedades. Los métodos moleculares basados en ADN se han convertido en métodos populares para el diagnóstico preciso de enfermedades de las plantas y se han utilizado para detectar patógenos fúngicos de Brassicaceae. Los ensayos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), incluidos los métodos anidados, multiplex, cuantitativos y de amplificación isotérmica, representan una poderosa herramienta para la detección temprana de patógenos fúngicos y contrarrestar preventivamente las enfermedades en las brassicas con el objetivo de reducir drásticamente los fungicidas como insumos. También es notable que las plantas de Brassicaceae pueden establecer una amplia variedad de relaciones con hongos, que van desde interacciones perjudiciales con patógenos hasta asociaciones beneficiosas con hongos endofíticos. Así, comprender la interacción entre el huésped y el patógeno en los cultivos de brassica promueve una mejor gestión de enfermedades. La presente revisión informa sobre las principales enfermedades fúngicas de Brassicaceae, los métodos moleculares utilizados para su detección, revisa estudios sobre la interacción entre hongos y plantas de brassicas, y los diversos mecanismos involucrados, incluida la aplicación de tecnologías ómicas.