Los haptenos son moléculas pequeñas que solo provocan una respuesta inmune cuando están unidas a proteínas. Los haptenos inicialmente se unen a proteínas propias y activan respuestas inmunitarias innatas mediante mecanismos complejos a través de citoquinas inflamatorias y patrones moleculares asociados al daño, y la posterior regulación al alza de señales coestimuladoras como el clúster de diferenciación 86 (CD86) en células dendríticas. Las interacciones subsiguientes entre CD86 y CD28 en células T son críticamente importantes para activar adecuadamente las células T naïve e inducir la producción de interleucina 2, lo que lleva al establecimiento de la inmunidad adaptativa a través de células T efectoras y de memoria. La evidencia acumulada reveló la participación de los haptenos en el desarrollo de diversas enfermedades autoinmunes como enfermedades alérgicas, inflamatorias y autoinmunes, incluyendo dermatitis alérgica de contacto, atopia, asma, alergia alimentaria, enfermedades inflamatorias intestinales, anemia hemolítica, daño hepático, leucodermia e incluso inmunidad antitumoral. Por lo tanto, el desarrollo de alternativas de pruebas in vitro para evaluar de antemano si una sustancia podría llevar al desarrollo de estas enfermedades es altamente deseable. Esta revisión resume y discute los avances recientes en enfermedades alérgicas, inflamatorias y autoinmunes inducidas por productos químicos y fármacos a través de haptenación y los posibles mecanismos moleculares subyacentes, así como alternativas de pruebas in vitro para evaluar de antemano si una sustancia podría causar el desarrollo de estas enfermedades.