La enfermedad del barreno de la yuca (CWBD) es una de las enfermedades más devastadoras de la yuca (Crantz) y amenaza la producción global del cultivo. En 2017, se reportó un fitoplasma, Phytoplasma luffae (P. luffae), en Filipinas, y se ha considerado como el agente causal, a pesar de la etiología y transmisión desconocidas de CWBD. En este estudio, se evaluó la ocurrencia nacional de CWBD y se intentó la detección del patógeno de CWBD utilizando técnicas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de nueva generación (NGS). Los resultados mostraron que CWBD se ha propagado y se ha vuelto severa, exhibiendo síntomas como proliferación de hojas pequeñas, acortamiento de los entrenudos y necrosis vascular. El análisis de PCR reveló una baja tasa de detección de fitoplasma, posiblemente debido a un bajo título, distribución desigual o ausencia en la yuca sintomática de CWBD. Además, las técnicas de NGS confirmaron los resultados de PCR, revelando la ausencia o recuentos de fitoplasma extremadamente bajos, pero una sorprendentemente alta abundancia de un hongo exigente y limitado al xilema, sp. en plantas sintomáticas de CWBD. Estos hallazgos generan dudas sobre la participación del fitoplasma en CWBD y, en cambio, destacan la posible asociación de sp, apoyando firmemente los hallazgos recientes en el sudeste asiático continental. Se necesitan más investigaciones para verificar la etiología de CWBD e identificar los mecanismos de infección de sp para desarrollar métodos de diagnóstico y control efectivos para la gestión de la enfermedad.