Los endófitos septados oscuros (DSE) pueden facilitar el crecimiento de las plantas y la tolerancia al estrés en ecosistemas estresantes. Sin embargo, se sabe poco sobre la respuesta de las plantas medicinales a DSE, especialmente bajo estrés por metales pesados. Este estudio tuvo como objetivo investigar cómo afecta DSE al crecimiento de plantas medicinales bajo estrés de cadmio (Cd). En esta investigación, se realizaron inoculaciones estériles y no estériles para evaluar el efecto de tres cepas de DSE en plantas estresadas con Cd. Para la raíz, la inoculación estéril o no estéril de DSE15 resultó en un aumento de la biomasa de la raíz, el volumen de la raíz, el contenido de Cd de las raíces y los niveles de ácido indolacético (IAA) bajo estrés de Cd. La inoculación no estéril de DSE7 aumentó significativamente el contenido de Cd de las raíces a 1 y 5 mg de Cd/kg de suelo. En cuanto al impacto en tallos y hojas, bajo condiciones estériles, DSE7 y DSE15 regularon eficazmente la biomasa del brote, la altura de la planta, el nivel de clorofila y el contenido de superóxido dismutasa (SOD). Bajo condiciones estériles, DSE15 influyó positivamente en la biomasa del brote y la altura de la planta, mientras que DSE7 no tuvo un efecto significativo en ellas cuando se sometieron a estrés de Cd. Para los efectos en las flores bajo condiciones no estériles, DSE7 y DSE15 aumentaron significativamente la biomasa de las flores bajo estrés de Cd, mientras que DSE7 redujo el coeficiente de transferencia de Cd de las flores a 1 y 5 mg de Cd/kg de suelo. Importante, a 1 mg de Cd/kg de suelo, las inoculaciones no estériles de DSE7 y DSE15 promovieron el contenido de ácido 1,5-dicaféicoquinico en un 18,29% y 21,70%. La interacción entre DSE y factores del suelo reveló que las especies de DSE tuvieron efectos significativos en el carbono orgánico del suelo y el nitrógeno disponible en suelo no estéril. La inoculación de DSE15 aumentó el contenido de carbono orgánico del suelo, mientras que la inoculación de DSE7 y DSE15 redujo el contenido de nitrógeno disponible en el suelo bajo estrés de Cd. Estos resultados contribuyen a una mejor comprensión de las interacciones planta-DSE en hábitats contaminados por metales pesados y demuestran la utilidad potencial de cepas de DSE para cultivar plantas medicinales.