El tomate (L.) es probablemente la verdura más importante consumida en todo el mundo, y al igual que otros productos, se ve afectado por el estrés y las enfermedades que reducen el rendimiento y la producción. El propósito de este trabajo fue estudiar el fitobioma de las semillas de tomate de dos híbridos para entender primero si las variedades de tomate albergan grupos similares de organismos, así como su efecto en la estructura de la comunidad, especialmente de aquellos microbios con el potencial de promover el crecimiento y/o controlar patógenos de plantas. Diferentes variedades de tomate (genotipos) albergan comunidades endofíticas significativamente diferentes, lo cual también se refleja a nivel de orden. Estas comunidades son particularmente ricas en bacterias formadoras de esporas que tienen la capacidad de promover el crecimiento de las plantas o sintetizar compuestos antimicrobianos que disuaden a los patógenos de las plantas. Concluimos que las semillas de las variedades de tomate Elpida y Silverio son fuentes de bacterias endofíticas capaces de sintetizar sustancias antifúngicas que podrían ser utilizadas potencialmente para el biocontrol contra hongos patógenos de plantas.