Los cultivos de sandía y melón son afectados por algunas enfermedades fúngicas importantes transmitidas por el suelo como la pudrición carbonosa, el colapso o la patología más importante a nivel económico, la marchitez por Fusarium ( f. sp. , f. sp. , f. sp. , , y ). Los métodos comúnmente utilizados para su control suelen ser ineficaces, por lo tanto, constantemente se buscan nuevos enfoques, como el uso de agentes de control biológico. Este trabajo tuvo como objetivo aislar, identificar y probar hongos endofíticos por sus propiedades antagonistas contra las tres enfermedades mencionadas. Para esto, se aislaron alrededor de 350 cepas de hongos endofíticos de plantas asintomáticas de sandía. Entre ellas, se seleccionaron 7 especies fúngicas para evaluar su potencial antagonista contra 14 patógenos. Los ensayos de cultivo dual permitieron seleccionar dos cepas de acuerdo a las altas tasas de inhibición observadas (hasta un 93%), que posteriormente se emplearon en plantas de melón y sandía, demostrando que algunos de los patógenos fueron controlados en términos de incidencia de enfermedades, mostrando una disminución de hasta un 67% para . Además, se seleccionaron tres concentraciones de extracto para evaluar el efecto germicida, obteniendo diferencias significativas en el crecimiento de los patógenos dependiendo de los parámetros de fermentación.