Los endófitos son microbios simbióticos que son mutuamente beneficiosos para el huésped vegetal y cuyo número y diversidad afectan la resistencia de la planta a las tensiones. La infección de batata con el patógeno de la sarna puede provocar pérdidas de rendimiento. Sin embargo, se sabe poco sobre cómo responde la flora endofítica en batata a la infección por el patógeno de la sarna. Este estudio utilizó secuenciación de amplicones de alto rendimiento con la plataforma MiSeq PE300 de Illumina ITS y el gen 16SrRNA para analizar la composición y distribución de la flora endofítica en las raíces, tallos y hojas de plantas de batata infectadas con la enfermedad de la sarna y las de plantas sanas. Los hongos endofíticos dominantes en la batata fueron Ascomycota, mientras que las bacterias endofíticas dominantes fueron Proteobacteria. La diversidad de hongos endofíticos en las plantas sanas siguió una tendencia raíz > tallo > hoja, mientras que se observó una tendencia opuesta en las plantas infectadas. El patrón de diversidad de la flora bacteriana endofítica mostró una tendencia raíz > tallo > hoja en plantas sanas e infectadas. El patógeno de la sarna fue clasificado bajo OTU87 y se enriqueció en las hojas y tallos de las plantas infectadas. OTU87 se correlacionó negativamente con y positivamente con otros ocho taxa fúngicos, incluido .La investigación futura debería centrarse en explorar recursos fúngicos potenciales de biocontrol para la sarna de la batata.