En el contexto de la agricultura de precisión (AP), las encuestas geomáticas que explotan plataformas de UAV (vehículos aéreos no tripulados) permiten la caracterización dimensional de los árboles. Este artículo se centra en el uso de fotogrametría de UAV de bajo costo para estimar la altura de los árboles, como parte de un proyecto para la fitorremediación de suelos contaminados. Se eligen dos áreas de estudio con diferentes características en términos de altura media de los árboles (5 m; 0.7 m) para probar el procedimiento incluso en un contexto desafiante. Se realizan tres campañas en un olivar (Área 1) a diferentes altitudes de vuelo (30 m, 40 m y 50 m), y hay un vuelo de UAV disponible para el Área 2 (42 m de altitud), donde están presentes tres especies: adelfa, lentisco y álamo. El flujo de trabajo implica la elaboración de las nubes de puntos del UAV a través del enfoque SfM (estructura a partir del movimiento), modelos digitales de superficie (MDS), filtrado de vegetación y un análisis basado en SIG para obtener modelos de altura del dosel (MAD) para la extracción de altura basada en un enfoque de máximos locales. Las alturas derivadas de UAV se comparan con mediciones en campo, y se obtienen resultados prometedores para el Área 1, confirmando la aplicabilidad del procedimiento para la extracción de altura de árboles, mientras que la aplicación en el Área 2 (plántulas de árboles más cortas) es más problemática.