Cuantificar la capacidad de las redes de áreas protegidas para proteger a múltiples megafauna marina con diversas historias de vida es complicado, ya que muchas especies tienen un amplio rango, lo que requiere enfoques de monitoreo variados. Sin embargo, se necesita tal información para identificar y evaluar el uso potencial de especies paraguas y planificar la mejor manera de mejorar las estrategias de conservación. Aquí, evaluamos la efectividad de parte de la red de áreas protegidas Natura 2000 de Europa (Grecia occidental) para la megafauna marina y si las tortugas marinas boba son especies paraguas viables en esta región costera. Realizamos un levantamiento sistemático dentro y fuera de las áreas marinas protegidas (AMP) a escala regional utilizando drones aéreos (18,505 registros de animales) y los combinamos con datos de distribución de conjuntos de datos publicados (seguimiento, avistamientos, varamientos) de tortugas marinas, elasmobranquios, cetáceos y pinnípedos. Las AMP cubrieron el 56% de la costa encuestada (~1500 km). Solo hubo un 22% de superposición en las distribuciones de los cuatro grupos de los datos de drones aéreos y otros conjuntos de datos, lo que demuestra el valor de combinar diferentes enfoques para mejorar los registros del uso de áreas costeras para una gestión efectiva. Los cuatro grupos taxonómicos tenían más probabilidades de ser detectados dentro de las AMP costeras que fuera de ellas, confirmando una diversidad de hábitats suficiente a pesar de las variadas características de historia de vida. Los hábitats costeros frecuentados por las tortugas boba durante los períodos de cría/no cría se superpusieron en un 76% con las áreas utilizadas por los otros tres grupos, apoyando su uso potencial como especie paraguas. En conclusión, este estudio mostró que los drones aéreos pueden combinarse fácilmente con otros enfoques de monitoreo en áreas costeras para mejorar la gestión de la megafauna marina en redes de áreas protegidas y para identificar la eficacia de las especies paraguas.