Pocos estudios están disponibles que describan refugios de animales en Portugal. El objetivo era caracterizar las medidas profilácticas y la ocurrencia de enfermedades en refugios mediante un cuestionario. Las tasas de respuesta de 67 refugios (42 refugios municipales, 25 asociaciones) se compararon mediante la prueba exacta de Fisher. Más veterinarios respondieron para refugios municipales (98%) que para asociaciones (40%; < 0.001). Más del 80% de los encuestados indicaron utilizar registros médicos individuales y profilaxis rutinaria. Se informó que el tiempo de estancia excesivo para los perros fue reportado por el 54% de las asociaciones y el 33% de los refugios municipales. Se deben promover herramientas de gestión para mejorar la situación. Las vacunaciones de cachorros fueron similares y se indicó una vacunación final a las 16 semanas por más del 33% de los refugios. La revacunación anual de perros fue reportada con más frecuencia por las asociaciones (88%) que por los refugios municipales (55%; = 0.02). Las tres enfermedades más reportadas fueron el parvovirus y la sarna en perros, la enfermedad respiratoria superior y la panleucopenia en gatos, y la dermatofitosis en ambas especies. Se obtuvieron tasas de respuesta similares para las opciones de diagnóstico por ambos tipos de refugios, excepto para el moquillo. La prueba para retrovirus felinos fue indicada por la mayoría de los refugios (>69%), pero solo unos pocos.