Este estudio examina la diversidad genética y la estructura poblacional de la carpa plateada, una especie de agua dulce de importancia ecológica y económica. Se recolectaron muestras de 17 sitios a lo largo del río Yangtsé, incluidos LCH, LCS, LJHK y LXZX, así como una población de los Estados Unidos (SV). La secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq) generó 759,453 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) de alta calidad para análisis genómicos poblacionales, incluyendo diferenciación genética (F), estructura poblacional y decaimiento del desequilibrio de ligamiento (LD). La variación genética se encontró principalmente dentro de las poblaciones (78.05%), con un 21.94% entre poblaciones. La mayoría de los sitios mostraron baja diferenciación genética (F < 0.05), lo que sugiere una alta mezcla a lo largo del río, aunque algunos sitios mostraron valores elevados (F > 0.15). El rápido decaimiento de LD en LCH, LCS y LJZ indicó recombinación frecuente y tamaños efectivos de población moderados a grandes. Estos patrones reflejan la influencia de factores geográficos y ecológicos en la estructura poblacional. Las estrategias de conservación deben mantener la conectividad genética mientras protegen recursos genéticos distintos. Las poblaciones con alta diferenciación, como LXZX y LWZ, requieren una gestión específica para preservar la diversidad genética única.