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Encuesta del Genoma de Machos para Comprender Mejor el Mecanismo de Determinación del Sexo

Autores: Xu, Yuan; Liu, Hanyu; Jiang, Xinshuai; Zhang, Xinning; Liu, Jiayu; Tian, Yaguang; Bai, Xiujuan; Cui, Shiquan; Di, Shengwei

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Encuesta del Genoma de Machos para Comprender Mejor el Mecanismo de Determinación del Sexo


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Zootecnia

Palabras clave

Acuicultura
Genoma
Determinación del sexo
Población femenina
Secuenciación de nueva generación
Genes

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 10

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
es una de las especies de acuicultura importantes en el noreste de China. Las trompas de Falopio de las hembras se utilizan para preparar oviductus ranae (una importante medicina tradicional china). Por lo tanto, las hembras tienen un valor económico más alto que los machos. Una población femenina en aumento puede incrementar los beneficios de la cultura. Sin embargo, el genoma de los anfibios es complejo, lo que dificulta la investigación de su mecanismo de determinación sexual. En este estudio, analizamos el genoma de un macho utilizando tecnología de secuenciación de nueva generación. Se obtuvieron un total de 200,046,452,400 bp de datos limpios, y el análisis de K-mer indicó que la profundidad era de 50x. El tamaño del genoma era aproximadamente de 3585.05 M, con una tasa de heterocigosidad, una proporción de secuencias repetidas y un contenido de GC del genoma de 1.15%, 68.96% y aproximadamente 43.0%, respectivamente. En total, se generaron 270,785 contigs y 498 andamios. El tamaño de los contigs y andamios fue de 3,748,543,415 y 3,765,862,278 bp, respectivamente, con una longitud N50 de 31,988 y 336,385,783. El contig y andamio más largos fueron de tamaño 137,967,485 y 1,808,367,828 bp, respectivamente. El número de contigs y andamios > 10K nt fue de 99,620 y 451, respectivamente. A través de la anotación, se obtuvieron 40,913 genes, incluidos 156,609 CDS (es decir, 3.83 CDS por gen). Se realizó un alineamiento de secuencias con el genoma ensamblado en este estudio. Dos y un fragmento tenían alta homología con dos marcadores moleculares de ADN específicos de machos descubiertos previamente (a saber, MSM-222 y MSM-261, respectivamente). Además, se obtuvo el gen con una longitud de 18,893 bp mediante comparación y empalme. Los cebadores hacia adelante que amplifican MSM-222 y MSM-261 se ubicaron en 322-343 y 14,501-14,526 bp de, respectivamente. Sin embargo, el alineamiento de secuencias reveló que MSM-222 y MSM-261 no estaban ubicados en, y solo se observaron algunas partes homólogas. Esto indicó que, además de, otros genes importantes pueden desempeñar un papel crucial en el mecanismo de determinación sexual de. Nuestro estudio proporcionó una base para la posterior construcción de un genoma de alta calidad y proporcionó importantes recursos genómicos para futuros estudios sobre.

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