Los parásitos y virus enteropatógenos se han reportado con frecuencia en cerdos y pueden infectar una amplia gama de mamíferos, incluidos los humanos. Entre la amplia variedad de parásitos que infectan a los cerdos, los protistas diarreogénicos se encuentran entre aquellos que causan una morbilidad significativa. El virus de la hepatitis E (VHE) también se ha reportado tanto en cerdos domésticos como en jabalíes y se sabe que tiene una importante relevancia para la salud pública. Estos agentes comparten la ruta de transmisión fecal-oral, pero los datos sobre su excreción fecal y las vías de circulación aún son escasos o incompletos. Por lo tanto, el objetivo del presente estudio fue caracterizar la presencia de microeucariotas y VHE en los jabalíes de Portugal. Se obtuvieron muestras de heces de jabalí (144) durante las temporadas oficiales de caza (de octubre a febrero) en 2018/2019, 2019/2020 y 2021/2022 y se analizaron para spp., , , sp. y VHE mediante ensayos moleculares, seguidos de secuenciación y análisis filogenético. Hemos detectado (1.4%, IC del 95%: 0.2-4.9), (14.6%, IC del 95%: 9.2-21.4), ST5 (29.2%, IC del 95%: 21.9-37.2) y el genotipo 3 de VHE (2.8%, IC del 95%: 0.7-6.9; subgenotipos 3e y 3m). Se observaron co-infecciones en trece animales donde dos fueron positivos tanto para VHE como para , uno fue positivo tanto para como para ST5, y diez fueron positivos tanto para como para ST5. y no se detectaron en la población de jabalíes encuestada. Hasta donde sabemos, este es el primer informe que describe infecciones por protistas de spp., , y sp., así como la primera identificación del emergente genotipo 3m de VHE en jabalíes de Portugal. El presente trabajo muestra que protozoos potencialmente zoonóticos y VHE están circulando en las poblaciones de jabalíes en Portugal. Se necesitan medidas de concienciación e implementación de una red de vigilancia epidémica dirigidas a los jabalíes para prevenir la propagación de estos agentes patógenos a los humanos.