El papel de las emisiones de gases de efecto invernadero de los embalses de agua dulce y su contribución al aumento de sus concentraciones en la atmósfera es actualmente objeto de debate en muchas partes del mundo. Estudiamos los flujos difusivos de CO₂ y CH₂ de dos grandes embalses hidroeléctricos neotropicales con diferentes condiciones climáticas. Utilizamos cámaras cerradas flotantes para estimar los flujos difusivos de estas especies gaseosas. Las campañas de muestreo mostraron que los embalses estudiados eran fuentes de gases de efecto invernadero a la atmósfera. En el embalse de Serra da Mesa, las emisiones de CH4 oscilaron entre 0,530 y 396,96 mg.m⁻².d⁻¹ y las de CO2 entre -1.738,33 y 11.166,61 mg.m⁻².d⁻¹. En el embalse de Três Marias, los flujos de CH4 oscilaron entre 0,720 y 2.578,03 mg.m⁻².d⁻¹ y las de CO2 entre -3.037,80 y 11.516,64 mg.m⁻².d⁻¹. No se observaron diferencias estadísticamente significativas en los flujos de CH4 entre los embalses, pero los flujos de CO2 de los dos embalses estudiados fueron significativamente diferentes. Las emisiones de CO2 medidas durante los períodos estudiados en Serra da Mesa mostraron cierta estacionalidad, con diferencias entre la estación de transición húmeda y la seca. En el embalse de Três Marias, los flujos de CO2 no mostraron variabilidad estacional. En ambos embalses, las emisiones de CH4 mostraron una tendencia al aumento durante los períodos de estudio, pero esta tendencia no fue estadísticamente significativa. Estos resultados contribuyeron a ampliar el conocimiento sobre la magnitud de las emisiones de CO2 y CH4 en los embalses hidroeléctricos. Sin embargo, debido a la variabilidad natural de los datos, se necesitarán futuras campañas de muestreo para comprender mejor las influencias estacionales en los flujos de gases de efecto invernadero.