(1) Antecedentes: Este estudio tiene como objetivo identificar sistemáticamente los genes candidatos clave y las redes regulatorias que gobiernan el desarrollo ovárico en razas de ovejas con fecundidad divergente. Al centrarse en elucidar los roles regulatorios centrales de estos factores durante las distintas etapas del desarrollo ovárico en razas altamente prolíficas, la investigación busca revelar el mecanismo por el cual las redes regulatorias multinivel determinan sinérgicamente la capacidad reproductiva de las ovejas. (2) Métodos: Este estudio utilizó los ovarios de la raza de ovejas de baja fecundidad Ujumqin, la raza de alta fecundidad de ovejas de cola pequeña Han y varias etapas de desarrollo de las ovejas de cola pequeña Han como sujetos de investigación. A través del análisis de secuenciación de todo el transcriptoma, se seleccionaron los ARN mensajeros (ARNm) expresados diferencialmente (DEGs) y los ARN no codificantes (ncRNAs), y se construyó una red regulatoria ceRNA que fue sometida a análisis bioinformático. Se empleó un sistema de detección de genes reporteros de dual-luciferasa para validar las relaciones de objetivo dentro de las redes clave circRNA-miRNA-mRNA obtenidas. Finalmente, se utilizó qRT-PCR para verificar la precisión de los resultados de secuenciación. (3) Resultados: Nuestro análisis construyó dos redes ceRNA distintas: una de diferentes grupos de fecundidad (116 DECs, 46 DEMs, 82 DEGs) y otra de diferentes etapas ováricas (186 DECs, 143 DEMs, 338 DEGs). El enriquecimiento funcional reveló vías clave relacionadas con la reproducción, incluyendo la quinasa activada por mitógenos (MAPK), la quinasa Janus-transductora de señales y activadora de la transcripción (JAK-STAT) y la señalización WNT en la comparación de fecundidad, y MAPK, Ras, WNT, señalización Hippo en la comparación de etapas de desarrollo. El análisis integrado identificó una red central circRNA-miRNA-mRNA, señalando circRNA2058-miR-9226-5p- como un eje regulador central. El ensayo de dual-luciferasa confirmó que circRNA2058 actúa como un esponja para miR-9226-5p, mediando así la expresión. La validación de qRT-PCR de ARN seleccionados al azar confirmó la fiabilidad de la secuenciación. (4) Conclusiones: este estudio descifra una red regulatoria sinérgica e identifica, por primera vez, el eje ceRNA circRNA2058-miR-9226-5p- como un posible interruptor molecular crítico que impulsa la dominancia folicular en las ovejas. Este descubrimiento proporciona una base molecular para dirigir los reguladores centrales de la eficiencia reproductiva ovina y ofrece importantes perspectivas para estrategias innovadoras en la mejora de la reproducción ovina.