La presencia de gosipol libre (FG) en la harina de semilla de algodón (CSM) limita en gran medida el uso de CSM como un alimento proteico de alta calidad. La fermentación microbiana es un método efectivo para reducir simultáneamente el FG y mejorar el valor nutricional de CSM. En este estudio, utilizando agar dextrosa de papa que contiene gosipol acético como medio selectivo y suelo húmico de campos de algodón como fuente, aislamos seis cepas de hongos capaces de tolerar FG. Con una proporción de inoculación del 8% (8 mL x 10 CFU/mL células o esporas en 100 g de CSM fermentada), 50% de contenido de humedad y una temperatura de 30 grados Celsius, CSM se fermentó durante 5 días. Los resultados mostraron que la cepa F tuvo la tasa más alta de eliminación de FG en un 56.43%, que fue identificada como () y nombrada TG529. Una optimización adicional reveló que cuando el tiempo de fermentación se extendió a 11 días, TG529 logró una tasa máxima de eliminación de FG de 73.29%. En comparación con la muestra original, el tratamiento con TG529 aumentó significativamente los contenidos de proteína bruta, proteína soluble en ácido y 18 aminoácidos, mientras que redujo significativamente los contenidos de fibra bruta, fibra detergente neutra (NDF) y fibra detergente ácida en la harina de semilla de algodón fermentada (FCSM). Utilizando plasma atmosférico y a temperatura ambiente para la mutagénesis de TG529, se encontró que TG529 mutado aumentó significativamente los contenidos de proteína soluble en ácido y fenilalanina en FCSM, redujo significativamente el contenido de NDF y mejoró la tasa de eliminación de FG a 76.50%. En resumen, este estudio seleccionó y mutagénico una cepa de hongo detoxificante de FG, TG529, que puede reducir eficazmente el contenido de FG y mejorar el valor nutricional de CSM mediante fermentación en estado sólido.