La pudrición de la espiga por Fusarium (FHB) es una enfermedad fúngica destructiva del trigo que causa pérdidas económicas significativas debido a menores rendimientos y a la contaminación del grano con toxinas fúngicas (micotoxinas), particularmente deoxinivalenol (DON). Se ha demostrado que la propagación de la enfermedad FHB y la contaminación por micotoxinas empeoran con el aumento de CO, por lo tanto, es importante identificar la resistencia al FHB que sea resiliente al clima. Este trabajo evalúa si el trigo con el locus de rasgo cuantitativo (QTL), el locus de resistencia al FHB más ampliamente utilizado en los programas de mejoramiento del trigo, proporciona una resistencia confiable a la enfermedad en condiciones de CO elevado. Se cultivaron líneas de trigo casi isogénicas (NILs) derivadas de un fondo genético altamente susceptible al FHB o de un fondo genético más resistente al FHB, con o sin el QTL, en cámaras de crecimiento en condiciones de CO ambiental (400 ppm) y elevado (1000 ppm). El trigo fue inoculado y evaluado por la severidad del FHB. En condiciones de CO elevado, las NILs derivadas de trigo más resistente al FHB mostraron una mayor propagación de la enfermedad, mayor biomasa del patógeno y contaminación por micotoxinas, y tasas más bajas de detoxificación de DON; esto no se observó en el trigo de un fondo genético susceptible al FHB. El QTL no se asoció con una mayor severidad de la enfermedad en el trigo cultivado en CO elevado y proporcionó una resistencia confiable a la enfermedad.