Los mecanismos subyacentes al desarrollo de la cola han atraído una atención significativa en la investigación científica, particularmente los factores detrás de los cambios estructurales y los fenotipos variables. En las ovejas, el desarrollo de las vértebras de la cola y del tejido adiposo es un proceso complejo que requiere una coordinación precisa entre múltiples genes y vías de señalización. Si bien se sabe que los elementos transponibles son cruciales en el desarrollo fetal, su papel en la formación de la cola no se comprende bien. Para investigar esto, se empleó la secuenciación de ARN para analizar el transcriptoma de la cola, incluidos los genes y los elementos transponibles, en tres etapas del desarrollo fetal en corderos en los días gestacionales 40-45 (E40-45), 55-60 (E55-60) y 70-75 (E70-75). Nuestros hallazgos muestran que los elementos transponibles estaban principalmente activos en la formación y elongación de las vértebras de la cola durante las etapas E40-45 y E55-60, mientras que la deposición significativa de grasa comenzó en E70-75. También identificamos elementos transponibles específicos asociados con estos procesos. Este estudio aclara el papel de los elementos transponibles en la conformación de los fenotipos de la cola y ofrece valiosos conocimientos para la cría de ovejas domésticas.