La corona de la raíz del trigo, causada por , es una enfermedad fúngica emergente transmitida por el suelo y provoca graves daños en áreas donde el agua es escasa. Sin embargo, las interacciones entre la planta, el microbioma y el patógeno bajo diferentes regímenes de riego son poco conocidas. En nuestro estudio, diseñamos tres patrones de riego, incluyendo la sequía temprana (DR1), la sequía tardía (DR2) y bien regado (WAT), y muestreamos en la espigazón y llenado de grano, para investigar el efecto de diferentes regímenes de riego en la comunidad microbiana y la gravedad de la enfermedad. Estos hallazgos mostraron que el patrón bien regado en el llenado de grano disminuyó el índice de enfermedad en comparación con otros patrones, y la comunidad bacteriana en el WAT y DR2 en el llenado de grano mostró una mayor diversidad alfa (rizosfera y raíz) y estructuras más estables (raíz). Para la red microbiana, independientemente de los compartimentos, las redes bacterianas en el WAT y DR2 fueron más complejas y conectadas con un mayor grado promedio y coeficiente de agrupamiento que DR1 en ambos períodos. Además, varios microbios beneficiosos potenciales como biomarcadores se enriquecieron bajo buenas condiciones de agua, específicamente durante la espigazón de DR2 y el llenado de grano de WAT, incluidas las unidades taxonómicas operativas (OTUs) afiliadas a los taxones de , , , , , , y en la rizosfera y raíz. En general, el microbioma remodelado por la buena humedad o evitando la sequía temprana debería ser enfatizado y utilizado posteriormente en el control de la corona de la raíz del trigo causada por .