El color del pericarpo es un rasgo comercial crucial que influye en las preferencias de los consumidores por los melones amargos. Sin embargo, hasta ahora, el gen responsable de este rasgo ha permanecido sin identificar. En este estudio, identificamos un gen que controla el color del pericarpo a través de un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando los datos de resecuenciación de 106 accesiones de melón amargo. Exhibe tres haplotipos principales: Hap1 es un tipo salvaje con un pericarpo verde, Hap2 es un tipo SA (del sur de Asia) y SEA (del sudeste asiático) con un pericarpo verde, y Hap3 es principalmente un tipo SEA con un pericarpo verde claro. El haplotipo está significativamente correlacionado tanto con el color del pericarpo como con el tipo ecológico. Es importante destacar que el pericarpo verde claro mostró una terminación prematura debido a una inserción de secuencia de 15 pb. El árbol filogenético se agrupó según el color del pericarpo y el tipo ecológico, utilizando SNPs ubicados en el gen y su promotor. Altos valores de diversidad nucleotídica indican una alta diversidad nucleotídica entre los tipos salvajes y SEA, y entre los tipos SA y SEA en el gen. Los haplotipos, el árbol filogenético y la diversidad nucleotídica sugieren que ha pasado por una selección de domesticación. Este estudio identifica como el gen clave que determina el color del pericarpo en los melones amargos e introduce una nueva perspectiva que está sujeta a la selección de domesticación.