El quitosano es un derivado de la quitina que es uno de los biopolímeros más abundantes en la naturaleza, encontrado en las conchas de los crustáceos así como en las paredes celulares de los hongos. La mayoría de los quitosanos disponibles comercialmente se producen a partir de los exoesqueletos de los crustáceos. El proceso de extracción implica productos químicos agresivos, tiene un potencial limitado debido a la oferta estacional y limitada y podría causar reacciones alérgicas. Sin embargo, se ha demostrado que el quitosano alivia el efecto negativo de los estresores ambientales en las plantas, pero hay escasa evidencia de cómo la fuente de quitosano afecta esta bioactividad. El objetivo de este estudio fue investigar la capacidad del quitosano de hongos en comparación con el quitosano de crustáceos para mejorar la tolerancia al estrés por sequía en plantas de tomate (cv. MicroTom). El tratamiento con quitosano se aplicó a través de aplicación foliar y las plantas fueron expuestas a dos períodos de estrés por sequía de 14 días en las etapas de crecimiento vegetativo y de cuajado de frutos. Se analizaron marcadores fenotípicos (por ejemplo, número y peso de frutos), fisiológicos (RWC) y bioquímicos relacionados con el estrés (osmólitos, pigmentos fotosintéticos y malondialdehído) en diferentes momentos durante el ciclo de crecimiento del cultivo. Nuestra hipótesis era que este modelo de estrés por sequía impactará negativamente a las plantas de tomate, mientras que la aplicación foliar de quitosano extraído de crustáceos o de hongos aliviará este efecto. Nuestros hallazgos indican que el estrés por sequía disminuyó marcadamente el contenido relativo de agua en las hojas (RWC) y el contenido de clorofila, aumentó la peroxidación lipídica y redujo significativamente el número promedio de frutos. La aplicación de quitosano, independientemente de la fuente, mejoró estos parámetros y aumentó la tolerancia de las plantas al estrés por sequía. Proporciona un estudio comparativo de la actividad bioestimulante del quitosano de diversas fuentes y sugiere que el quitosano obtenido de hongos podría servir como una alternativa más sostenible y respetuosa con el medio ambiente al quitosano actual de los crustáceos.