Entre otros patógenos, más de 80 virus infectan la vid. El objetivo de este trabajo fue estudiar la diversidad del viroma de los virus de la vid y los micovirus de un viñedo utilizando tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. El viroma de la vid se estudió en vides sintomáticas del cultivar Rkatsiteli recolectadas en los viñedos del Krai de Krasnodar en Rusia. Se utilizó ARN total depurado de ribosomas y ARN pequeños aislados para la preparación de bibliotecas y la secuenciación de alto rendimiento. Se validaron seis virus que infectan la vid y dos viroides mediante RT-PCR y se analizaron filogenéticamente. Identificamos la presencia del virus asociado a la enrolladura de la hoja de la vid 3, el virus Pinot gris de la vid, el virus T de la vid, el virus asociado a la pitting del tallo rupestris de la vid, el virus de manchas de la vid y el virus de plumas de la vena rupestris de la vid, así como dos viroides, el viroid de manchas amarillas de la vid 1 y el viroid del enanismo del lúpulo. También estudiamos el micoviroma del viñedo e identificamos nueve virus con genomas de ARN de sentido positivo de cadena sencilla: mitovirus 1 de alternaria arborescens, mitovirus 1 de botrytis cinerea, mitovirus 2 de botrytis cinerea, mitovirus 3 de botrytis cinerea, mitovirus 4 de botrytis cinerea, mitovirus 3 de sclerotinia sclerotiorum, hipovirus 1 de botrytis cinerea, narnavirus 1 asociado a la vid y virus F de botrytis. Además, identificamos ARN similar a satélites del hipovirus 1 de botrytis cinerea y dos virus de ARN de sentido negativo de cadena sencilla. Este es el primer estudio de micovirus de la vid en Rusia. El resultado obtenido contribuirá al desarrollo de estrategias de biocontrol en el futuro.