La decodificación de los rasgos específicos de los espermatozoides X e Y en la cría de animales es esencial para acelerar las aplicaciones de reproducción. Sin embargo, existen numerosos desafíos para distinguir entre los espermatozoides X e Y. Aquí, investigamos las proteínas y metabolitos de expresión diferencial total de los dos tipos de espermatozoides utilizando proteómica cuantitativa sin etiquetas y análisis metabolómico no dirigido. Los resultados sugieren que las proteínas y metabolitos diferenciales enriquecen principalmente los procesos de metabolismo energético en los espermatozoides X e Y de jabalí. COX6A1 y CYTB se identifican como biomarcadores potenciales para la clasificación de espermatozoides X e Y de jabalí. Nuestros hallazgos contribuyen a los métodos de aplicación de semen de jabalí clasificado por sexo.