El núcleo de la jabonera es rico en aceite que tiene propiedades antibacterianas, antiinflamatorias y antioxidantes, promueve la proliferación celular, la migración celular y estimula los efectos de curación de heridas en la piel. El aceite tiene excelentes propiedades lubricantes y es una materia prima de alta calidad para biodiésel y lubricantes premium, mostrando un gran potencial en aplicaciones industriales y médicas. El análisis de metabolitos y transcriptoma reveló patrones de acumulación y composición de aceite y genes expresados diferencialmente (DEGs) durante el desarrollo de las semillas. Se realizaron observaciones morfológicas de los frutos de jabonera en diferentes etapas de desarrollo, y se determinó el contenido de aceite y la composición de ácidos grasos de los núcleos. Se realizó secuenciación del transcriptoma en núcleos a los 70, 100 y 130 días después de la floración (DAF). El contenido de aceite de los núcleos de jabonera fue más bajo a los 60 DAF (5%) y alcanzó su punto máximo a los 130 DAF (31%). Tras la maduración del fruto de jabonera, los principales ácidos grasos en los núcleos fueron C18:1 (ácido oleico) y C18:3 (ácido linolénico), representando un promedio del 62% y 18%, respectivamente. Los contenidos promedio de ácidos grasos insaturados y ácidos grasos saturados en el núcleo fueron del 86% y 14%, respectivamente. A través de los cambios dinámicos en la composición de ácidos grasos y el análisis de DEGs de los núcleos de jabonera, se identificaron como genes candidatos que contribuyen a una alta proporción de C18:1 y C18:3, mientras que emergió como un gen candidato clave para la biosíntesis de TAG. El análisis combinado de transcriptoma y metabolismo reveló el mecanismo molecular de acumulación de aceite, llevando a la creación de un diagrama de patrón de vía metabólica para la biosíntesis de aceite en núcleos. El estudio del desarrollo del fruto de jabonera, la acumulación de aceite en los núcleos y el mecanismo molecular de biosíntesis de aceite tiene una gran importancia en el aumento del rendimiento de aceite y la mejora de la calidad del aceite.