Los perros pastores y de caza han sufrido una selección divergente para tareas específicas, lo que ha resultado en diferencias fenotípicas y de comportamiento distintas. Italia es hogar de numerosas razas reconocidas y no reconocidas de ambos tipos, lo que proporciona una oportunidad para compararlas genómicamente. En este estudio, analizamos datos de SNP obtenidos del CanineHD BeadChip, que abarca 116 perros de caza (representando 6 razas) y 158 perros pastores (representando 9 razas). Exploramos la estructura poblacional, el trasfondo genómico y las relaciones filogenéticas entre las razas. Para comparar los dos grupos, empleamos tres métodos complementarios para la detección de firmas de selección: F, XP-EHH y ROH. Nuestros resultados revelan una clara diferenciación entre los perros pastores y de caza, así como entre los perros de caza y los sabuesos, y entre los perros pastores guardianes y los perros pastores de rebaño. Las regiones genómicas que distinguen estos grupos albergan varios genes asociados con la domesticación y rasgos de comportamiento, incluyendo la sociabilidad (WBSRC17) y la agresividad (CDH12 y HTT). Además, se identificaron genes relacionados con la morfología, como el tamaño y el color del pelaje (ASIP y TYRP1) y la textura (RSPO2). Este análisis genómico comparativo arroja luz sobre las bases genéticas de las variaciones fenotípicas y de comportamiento observadas en los perros de caza y pastores italianos.