Este estudio busca analizar la influencia de una cascada de embalses en la densidad, riqueza y grupos funcionales del fitoplancton en el río Contas, un río tropical de Brasil. Este río cuenta con dos presas a lo largo de su curso, que forman los embalses de Pedra y Funil. Se recolectaron muestras durante tres años consecutivos (diciembre de 2007 a diciembre de 2010) en 28 estaciones de muestreo a lo largo del río. Se identificaron 198 especies y los tramos aguas abajo de los embalses mostraron una mayor riqueza. Las clorofíceas, seguidas de las bacilofíceas y las cianofíceas, fueron los grupos dominantes, registrándose la mayor densidad durante la época de lluvias. En general, se observó un patrón longitudinal en la densidad de algas en ambas épocas, registrándose los valores más bajos en secciones de los embalses de Pedra y Funil y las mayores densidades en las secciones aguas abajo. Se identificaron nueve grupos funcionales (C, F, J, MP, S1, Sn, Td, Y, Ws); de estos, F y J agruparon las especies con mayor abundancia relativa durante la estación seca, mientras que el grupo S1, representado por la cianobacteria Planktothrix agardhii, fue dominante en la estación lluviosa. El presente estudio mostró una alta variación longitudinal en la riqueza y densidad del fitoplancton, atribuida al cambio hidrológico entre las zonas lótica y léntica. Además, los efectos de la cascada de embalses sobre el fitoplancton, como la reducción de la densidad, el aumento de la riqueza y los cambios en las asociaciones algales, se vieron fuertemente influenciados por la heterogeneidad del hábitat presente en este entorno, así como por la pluviosidad de la región.