La sequía y la salinidad afectan varios procesos bioquímicos y fisiológicos en las plantas, inhiben el crecimiento vegetal y reducen significativamente la productividad. El sistema de biosíntesis de antocianinas representa uno de los mecanismos de tolerancia al estrés en las plantas, activado por el exceso de especies reactivas de oxígeno. Las antocianinas actúan como captadores de ROS, protegiendo a las plantas del daño oxidativo y mejorando su sostenibilidad. En esta revisión, nos centramos en los mecanismos moleculares y bioquímicos que subyacen al papel de las antocianinas en la tolerancia adquirida a la sequía y al estrés salino. También discutimos el papel del ácido abscísico y el nodo regulador ácido abscísico-miRNA156 en la regulación de la producción de antocianinas inducida por la sequía. Además, resumimos el conocimiento disponible sobre los factores de transcripción involucrados en la biosíntesis de antocianinas y el desarrollo de tolerancia a la sal y a la sequía. Finalmente, discutimos los avances recientes en la aplicación de tecnologías modernas de manipulación genética en el desarrollo de plantas enriquecidas en antocianinas con una mayor tolerancia a la sequía y al estrés salino.