El adenocarcinoma esofágico (EAC) se asocia con una mala supervivencia general a cinco años. La incidencia del cáncer esofágico está en aumento, especialmente en las sociedades occidentales, y los mecanismos fisiopatológicos por los cuales se desarrolla el EAC son de gran interés. Varios estudios han propuesto que el microbioma esofágico puede desempeñar un papel importante en la fisiopatología del EAC, así como en sus precursores: la enfermedad por reflujo gastroesofágico (GERD) y el esófago de Barrett (BE). Se ha demostrado que los microbiomas gastrointestinales alterados por estados inflamatorios median directamente la tumorogénesis y ahora se están considerando como nuevos objetivos tanto para el tratamiento como para la prevención del cáncer. Elucidar los mecanismos moleculares a través de los cuales el microbioma esofágico potencia el desarrollo de GERD, BE y EAC proporcionará una base sobre la cual se pueden desarrollar nuevos objetivos terapéuticos. Esta revisión resume los hallazgos actuales que elucidan los mecanismos moleculares por los cuales la microbiota promueve la patogénesis de GERD, BE y EAC, revelando direcciones potenciales para investigaciones adicionales sobre la fisiopatología mediada por el microbioma del EAC.