Se identificaron hojas de níspero que presentaban un amarillamiento evidente, ampollas, mosaico, curvatura hacia arriba, arrugas y estrechamiento en la ciudad de Panzhihua, provincia de Sichuan, China. Se empleó secuenciación de alto rendimiento (HTS) con una biblioteca de cDNA ribodepletada para identificar el viroma en las muestras de níspero; solo se identificaron el virus del mosaico del tomate (ToMV) y el viroid de exocortis de cítricos (CEVd) en los datos del transcriptoma. Se obtuvo la secuencia completa del genoma de ToMV y CEVd de las hojas de níspero. El genoma completo del ToMV-níspero es de 6376 nt y comprende cuatro marcos de lectura abiertos (ORFs) que codifican una proteína de 183 kDa, una ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp), una proteína de movimiento (MP) y una proteína de cápside (CP), respectivamente. Un análisis de identidad por pares mostró que la secuencia completa del ToMV-níspero tenía una identidad de nucleótidos entre el 98.5 y el 99.3% con otros aislados de ToMV. Un análisis filogenético indicó que el ToMV-níspero estaba más estrechamente relacionado con ToMV-IFA9 (Número de GenBank ON156781). Se amplificó una secuencia de CEVd de 361 nt de longitud basada en los contigs de HTS, la alineación de secuencias indicó que el CEVd-níspero tenía la mayor identidad con la cepa de CEVd-Balad (Número de GenBank PP869624), el análisis filogenético mostró que el CEVd-níspero estaba más estrechamente relacionado con CEVd-lechuga (Número de GenBank ON993891). Este descubrimiento significativo marca la primera documentación y caracterización de ToMV y CEVd infectando plantas de níspero, arrojando luz sobre las posibles amenazas a la cultivación de níspero y proporcionando información para estrategias de manejo de enfermedades.