El presente estudio tuvo como objetivo detallar el microbioma vaginal de yeguas en el día postparto bajo condiciones de campo utilizando la técnica de secuenciación de nueva generación (NGS). Este método permite determinar la composición de especies bacterianas en múltiples niveles y facilita la evaluación de la diversidad biológica en el entorno examinado. Se cree que una mayor diversidad bacteriana es más beneficiosa para la fisiología del órgano. Las bacterias que colonizan la vagina pueden incluir tanto microorganismos saprófitos como potencialmente patógenos. Las bacterias que habitan las mucosas mantienen un diálogo constante con el sistema inmunológico del huésped y son esenciales para mantener el equilibrio en las mucosas. En el presente estudio, se identificaron varias especies de spp. y spp., y se debe considerar su potencial patogenicidad para el endometrio.