Mal secco es una grave enfermedad vascular cítrica (MSD) causada por el hongo mitospórico. El patógeno entra a través de heridas en las partes aéreas y subterráneas del árbol. La especie susceptible naranjo amargo es el patrón de injerto más comúnmente utilizado para los limoneros en Italia. En este estudio, plántulas de naranjo amargo fueron inoculadas con heridas en hojas o raíces. Seis meses después de la inoculación, las comunidades microbianas de muestras de rizosfera, endorrizosfera y endosfera de xilema de plantas inoculadas y sanas fueron analizadas mediante secuenciación de amplicones de ARNr 16S e ITS (espaciador transcrito interno). El ADN de fue cuantificado por PCR en tiempo real en los tres compartimentos. Según nuestros resultados, la endorrizosfera de las plantas inoculadas en las raíces mostró la mayor concentración del ADN del patógeno. Las poblaciones bacterianas de taxones potencialmente beneficiosos (por ejemplo, y ) se agotaron en la rizosfera de las plantas inoculadas. La infección a través de hojas y raíces también produjo una reorganización a nivel de red de las asociaciones microbianas en las raíces de naranjo amargo. En general, nuestros hallazgos revelaron cambios a nivel comunitario inducidos por la infección en el microbioma de raíces y xilema de naranjo amargo, proporcionando más información sobre las interacciones multispecies beneficiosas en las comunidades microbianas asociadas a .