La diferenciación intersexual es crucial para la especiación y el mantenimiento de las plantas dioicas, pero los mecanismos subyacentes, incluidos los genes involucrados, aún se comprenden poco. Aquí, nos centramos en una planta dioica típica para explorar las huellas moleculares relevantes para la evolución del sexo al revelar los genes expresados diferencialmente (DEGs) entre los dos sexos y las señales de selección para estos DEGs. A partir de los resultados, encontramos un total de 1543 DEGs. Curiosamente, se detectaron 333 y 66 genes de expresión solo en inflorescencias masculinas y femeninas, respectivamente. Utilizando transcriptómica comparativa, se encontró que la expresión de 841 genes era significativamente mayor en inflorescencias masculinas que en femeninas y se enriquecía principalmente en vías relacionadas con la defensa, incluyendo la biosíntesis de fenilpropanoides, cutina, suberina y ceras. Mientras tanto, la expresión de 702 genes fue sesgada hacia las hembras y se enriqueció en gran medida en vías relacionadas con el crecimiento y el desarrollo, como el metabolismo de carbohidratos, la señalización de auxinas y las respuestas celulares. Además, se detectaron significativamente señales de selección del 16.7% y 17.6% en genes sesgados hacia las hembras y los machos, respectivamente, lo que sugiere su papel no despreciable en la evolución. Nuestros hallazgos ampliaron la comprensión de la base molecular de la diferenciación intersexual y contribuyen a la investigación futura sobre la evolución del sexo en plantas dioicas.