En el norte de China, el cultivo intercalado de soja con morera forrajera (L.) mejora los rendimientos de la soja mediante la optimización del uso de recursos naturales. Sin embargo, los mecanismos subyacentes de estas mejoras siguen siendo en gran parte desconocidos. El objetivo fue explorar los efectos de este cultivo intercalado en el crecimiento y rendimiento de la soja. Utilizamos transcriptómica, análisis de redundancia y modelado de ecuaciones estructurales para evaluar el crecimiento, rendimiento y nodulación de la soja; los resultados mostraron que el cultivo intercalado no afectó negativamente la altura de la planta ni el diámetro del tallo, pero aumentó el contenido de clorofila, la tasa fotosintética, el área foliar y el rendimiento de la soja. También aumentó el fósforo disponible en el suelo, el potasio disponible en el suelo y el contenido de agua en el suelo, mientras que reducía el nitrógeno disponible en el suelo y el valor de pH. Promovió el metabolismo de P y ácidos orgánicos, la actividad de transportadores y la expresión de genes clave. El análisis de redundancia revela de manera sorprendente que el cultivo intercalado está positivamente correlacionado con el rendimiento, la expresión génica y las propiedades del suelo. Mientras tanto, el análisis de modelado de ecuaciones estructurales demuestra que el contenido de fósforo disponible, potasio disponible y agua en el suelo de la rizosfera están positivamente correlacionados con la nodulación de la soja. Además, los rasgos de nodulación pueden mejorar directamente el metabolismo del nitrógeno, lo que posteriormente impulsa la fotosíntesis y ejerce finalmente una influencia positiva indirecta en el rendimiento de la soja. Además, el cultivo intercalado de soja con morera forrajera no indujo estrés por sombra en la parte aérea de la soja, sino que promovió su crecimiento y nodulación.