Varios microorganismos, incluidos spp., se han reportado en el eyaculado canino. El impacto de estos microorganismos en la calidad del semen sigue siendo incierto. Este estudio incluyó 63 perros machos sanos e intactos de 1 a 8 años. Un perro presentó azoospermia, lo que indica una incidencia relativamente baja de esta condición. Curiosamente, el 36.5% de los perros examinados dieron negativo para bacterias aerobias y micoplasmas, mientras que el 12.7% dio positivo por la presencia de bacterias. Además, el 60.3% de los perros dio positivo para spp. utilizando PCR, siendo la mayoría portadores de 1-2 especies. No encontramos diferencias significativas en las características del semen entre perros positivos y negativos. La detección de no estaba significativamente vinculada a la presencia de bacterias en el semen. Todos los microorganismos identificados fueron clasificados como flora saprófita. Nuestros hallazgos indican que spp. es común en el eyaculado canino. Los parámetros de calidad del semen no estaban correlacionados con la presencia de spp. en el semen. HRC689 fue la especie más común. Algunos perros no presentaron presencia de bacterias aerobias ni micoplasmas en su semen. Nuestro estudio destaca la presencia común de spp. en el eyaculado canino. La calidad del semen no muestra correlación con la presencia. Algunos eyaculados caninos son estériles. Nuestros hallazgos sugieren la existencia de especies de micoplasmas caninos no descritas, lo que requiere técnicas de diagnóstico avanzadas como NGS para su identificación.