Este estudio examina cómo dos formas de omisión de exones del gen (SE, omitiendo un segmento del gen) y exones mutuamente exclusivos (MXE, seleccionando uno de dos exones) afectan la producción de esperma en caballos mongoles. Utilizando portadores virales, introdujimos estos tipos de empalme en células de Sertoli (SCs) y encontramos que el tipo SE mostró una mayor expresión que el tipo MXE (< 0.001). Análisis transcriptómicos y metabolómicos identificaron 193 genes expresados diferencialmente (109 regulados al alza, 84 regulados a la baja) y 11,360 metabolitos diferenciales (7494 aumentados, 3866 disminuidos). Estos se enriquecieron principalmente en vías de formación de esperma: SE elevó genes y metabolitos (ácido fólico, espermina), mientras que MXE aumentó genes y metabolitos (ácido cítrico, glutatión). Ambas formas de empalme activaron vías de producción de esperma al regular genes y metabolitos específicos, revelando un nuevo papel en la reproducción equina y proporcionando una base para mejorar la eficiencia reproductiva y la conservación genética en caballos mongoles.