Los microarreglos de ADN se han convertido en una potente tecnología para el análisis de alto rendimiento de la regulación genética. Sin embargo, el amplio rango dinámico de las intensidades de señal de los microarreglos basados en fluoróforos supera con creces el rango dinámico de un solo escaneo de arreglo, limitando así el beneficio clave de la tecnología de microarreglos: la paralelización. La implementación de técnicas de escaneo múltiple representa un enfoque prometedor para superar estas limitaciones. Estas técnicas, a su vez, están limitadas por la susceptibilidad de los fluoróforos a la fotodegradación cuando se exponen a la luz láser del escáner. En este artículo se estudian las características de fotodegradación de la cianina-3 y la cianina-5 como parte de microarreglos de ADN de estado sólido. Se investigan los efectos de la intensidad inicial del fluoróforo, así como variables dependientes del escáner láser, como el voltaje del tubo fotomultiplicador, sobre la decoloración y la imagen. Los datos resultantes se utilizan para desarrollar un modelo capaz de simular el grado esperado de reducción de la intensidad de señal causada por la fotodegradación para cada fluoróforo individualmente, lo que permite eliminar el sesgo sistemático inducido por la fotodegradación en los procedimientos de escaneo múltiple. Las aplicaciones de escaneo único también se benefician, ya que dependen de pre-escaneos para determinar la configuración óptima del escáner. Estos hallazgos constituyen un paso hacia la estandarización de los experimentos y análisis de microarreglos y pueden ayudar a aumentar la comparabilidad de los resultados de los experimentos de microarreglos de un laboratorio a otro.