Los teleósteos son los vertebrados más prolíficos, ocupando la gran mayoría de los entornos acuáticos, y sus aletas pectorales han experimentado transformaciones fisiológicas notables a lo largo de su evolución. Estudiar los primeros peces teleósteos, como los que pertenecen al orden Osteoglossiformes, podría ofrecer información crucial sobre la evolución adaptativa de las aletas pectorales dentro de este grupo. En este estudio, hemos ensamblado un genoma a nivel cromosómico para el pez pluma payaso, logrando el ensamblaje de genoma de mayor calidad para Osteoglossiformes hasta la fecha, con un N50 de contig de 32.78 Mb y un N50 de andamiaje de 40.73 Mb. Al combinar el análisis filogenético, determinamos que el pez pluma payaso se separó aproximadamente hace 202 a 203 millones de años, alineándose con eventos de separación continental. Nuestro análisis reveló el intrigante descubrimiento de que una eliminación única de elementos reguladores está adyacente al gen, específicamente en teleósteos. Esta eliminación podría estar relacionada con la adaptación especializada de sus aletas pectorales. Además, nuestros hallazgos indican que contracciones y expansiones específicas de elementos transponibles (ETs) en teleósteos, incluido el pez pluma payaso, podrían estar conectadas a su evolución adaptativa. En esencia, este estudio no solo proporciona un recurso genómico de alta calidad para Osteoglossiformes, sino que también arroja luz sobre la trayectoria evolutiva de los primeros teleósteos.