El estuario del Tajo es el sistema estuarino más grande de la península ibérica. Ubicado en una zona metropolitana densamente poblada (Lisboa), el continuo estuario-costero está sujeto a una variabilidad natural significativa (por ejemplo, variaciones de marea, vientos, afluencia de ríos, etc.) y presiones humanas (por ejemplo, vertidos de aguas residuales, infraestructuras, recuperación de costas, dragado, etc.). Desde la década de 1980, el estuario ha sido un laboratorio natural para un gran número de estudios multidisciplinarios, pero también un laboratorio numérico para probar modelos y desarrollar nuevas ideas y metodologías numéricas. Modelos hidrodinámicos y biogeoquímicos se han utilizado desde entonces para determinar las principales características espaciales y temporales del sistema Tajo, conectando su dinámica con sus ciclos biogeoquímicos, proporcionando herramientas numéricas utilizadas para aumentar el conocimiento y gestionar el estuario y las aguas costeras cercanas. El objetivo principal de este artículo es presentar una sinopsis de la producción científica relacionada con estudios numéricos en el sistema Tajo, revisando más de cincuenta artículos publicados en las últimas cuatro décadas. Nuestro trabajo proporciona un contexto histórico y una descripción de los modelos numéricos implementados para abordar la hidrodinámica estuarina, la absorción de nutrientes, la producción primaria, la disponibilidad de luz, los ciclos estacionales y anuales y el vínculo entre la oceanografía física, biológica y química estuarina.