Se han aplicado microondas al secado de semillas de varias especies debido a su mantenimiento de la calidad de las semillas y la reducción de tiempo y costos. Sin embargo, se conoce poco sobre el efecto de las microondas en el aumento de la calidad fisiológica de las semillas de soja y, especialmente, sus efectos en la longevidad. Por lo tanto, el uso de microondas como magneto-priming en semillas de soja fue el objeto de estudio en este trabajo. Para este propósito, se seleccionaron dos cultivares de soja y se sometieron a la exposición a microondas de ultra alta frecuencia (UHF) de 2.45 GHz, en la longitud de onda de 11 cm, y una potencia de 0.2 W/g, durante 15 minutos. Los resultados mostraron que esta condición de exposición a las microondas trajo beneficios en ambos cultivares después del tratamiento. Se observaron mejoras incrementales en los índices de germinabilidad, la longitud de las plántulas, la absorción de agua por las semillas, la masa fresca, la masa seca y la longevidad. Los genes relacionados con la germinación de semillas y la longevidad mostraron una expresión superior (HSFA3, HSP21, HSP17.6b, EXP, ABI3) con el tratamiento de magneto-priming. Los datos encontrados aseguran el uso de la técnica como una opción viable para el pretratamiento como magneto-priming en semillas de soja con el fin de mejorar la calidad de las semillas.