En las últimas décadas se ha observado un aumento en el uso de pesticidas para proteger las plantas de plagas, enfermedades y malezas. Hay muchos estudios sobre los efectos de varios pesticidas en organismos no deseados. Esta revisión tiene como objetivo analizar y resumir los datos científicos publicados sobre los efectos de los pesticidas en el microbioma animal. Los pesticidas pueden afectar varios parámetros del microbioma animal, como la composición taxonómica de bacterias, la biodiversidad bacteriana y las proporciones bacterianas, y modificar el microbioma de varios organismos, desde insectos hasta mamíferos. Los cambios inducidos por los pesticidas en el microbioma reducen la inmunidad de los animales. Los efectos negativos de los pesticidas podrían plantear un problema global para los polinizadores. Otro posible efecto negativo de los pesticidas es el impacto en la microbiota intestinal de abejorros y abejas que aumenta la sensibilidad del cuerpo a la microflora patógena, lo que lleva a la muerte de los insectos. Además, los pesticidas pueden afectar la vitalidad, el éxito en el apareamiento y las características de la descendencia. La revisión considera métodos para corregir el microbioma de las abejas.