Las especies son conocidas por establecer múltiples interacciones con plantas silvestres y cultivadas que van desde la patogenicidad hasta el endofitismo. Uno de los factores clave involucrados en la regulación de tales relaciones está representado por la producción de metabolitos secundarios. Estos incluyen varias micotoxinas, que pueden acumularse en alimentos causando graves problemas de salud a humanos y animales. En el presente estudio, un aislado endofítico (A1021B), preliminarmente atribuido al complejo de especies (FIESC), fue sometido a caracterización bioquímica y molecular. El análisis metabolómico de cultivos axénicos de A1021B detectó hasta 206 compuestos, cuya producción fue afectada significativamente por la composición del medio. Entre los productos más representativos, se detectaron ácido fusárico (FA), sus derivados fusarinol y 9,10-dehidro-FA, culmorina y bikaverina. Estos resultados contrastaban con evaluaciones previas que reportaban a los miembros de FIESC como productores de tricotecenos en lugar de FA. Sin embargo, el análisis molecular proporcionó una indicación concluyente de que A1021B realmente pertenece a la especie. Estos hallazgos resaltan la importancia de los análisis filogenéticos de especies para evitar identificaciones engañosas, y la oportunidad de ampliar las bases de datos con el resultado de investigaciones metabolómicas de cepas de contextos naturales. Se discute la posible contribución de cepas endofíticas en la diferenciación de linajes con una gama desigual de micotoxinas en vista de su impacto subsiguiente en la producción de cultivos.