Los miembros de la microbiota intestinal central en abejas corbiculadas tienen una alta diversidad de especies y adaptabilidad a una amplia gama de hospedadores. En este estudio, realizamos análisis taxonómicos de especies y filogenéticos para cepas que aislamos en nuestro laboratorio, en combinación con genomas completos publicados. Los efectos funcionales de genes accesorios y únicos fueron investigados mediante la categorización KEGG y la anotación de rutas en el análisis del pan-genoma. En consecuencia, en este estudio, inferimos la importancia del metabolismo de carbohidratos, metabolismo de aminoácidos, transporte de membrana, metabolismo energético y metabolismo de cofactores y vitaminas en genes accesorios o únicos. La ruta mencionada anteriormente, además de enfermedades infecciosas, metabolismo de lípidos, metabolismo de nucleótidos, así como replicación y reparación ejercen un papel fundamental en genes accesorios o únicos. Un análisis adicional reveló la existencia de diferenciación funcional de genes accesorios y únicos entre genomas derivados de un tipo y genomas derivados de otro tipo. También identificamos ocho y cuatro grupos de genes biosintéticos en todos los genomas, respectivamente. Nuestro estudio proporciona una buena perspectiva para comprender mejor cómo la heterogeneidad del hospedador influye en la especiación bacteriana y afecta la versatilidad del genoma de las bacterias intestinales.